飞针技术属于针灸技术的一类，其治病原理基本上与传统针灸相同。结合针灸学理论和现代医学研究成果，我们从中医理论和现代医学原理两个方面来阐释飞针技术的作用机制。
中医理论原理
经络理论认为：人体的经络系统是由经脉和络脉共同组成的，经脉除了十二正经和奇经八脉两大组成部分以外，还包括隶属于十二正经的皮部、经筋、经别等；络脉繁多，大小长短不尽相同，大的主要有十五络脉，小的则遍布全身，由浮络、孙络等组成，这些经脉和络脉纵横交错，内联脏腑，外络肢节，将人体联络成一个有机的整体。飞针技术和普通针灸都是通过对经络所产生的调节作用而起到防病治病的目的，就飞针技术而言，根据具体使用方法的不同，皮部和络脉是其产生经络调节作用的主要刺激部位，但经脉、经筋、经别也都通过相互激发作用而产生调治作用。
所谓皮部是指将人体的皮肤依据十二正经循行分布路线而进行的分区，正如《素问・皮部论》所言：“皮有分部”＇”欲知皮部，以经脉为纪”＇”皮者，脉之部也”，由此可见：1.皮部与经脉关系密切，隶属于十二正经，是十二正经在体表的分布范围；2.皮部也是别络的分区，它同别络，特别是浮络有着密切的联系。故《素问・皮部论》又说：“凡十二经络脉者，皮之部也。“皮部的重要意义不仅体现形态学方面，即它与其他经络系统组成部分之间的区域联系，并共同组成网状化的经络系统；更重要的是它在功能上与十二正经之脉气相通，且一脉相承，并共同完成人体对自身内部各部之间及自身与外界之间的平衡调节，当这种平衡被打破，机体便会产生疾病。具体地讲：1.皮部在生理上具有抗御外邪，”保卫机体的作用。《素问・皮部论》云“是故百病之始生也，必先于皮毛”，《素问・缪刺论》所述更加形象：“邪之客于形也，必先舍千皮毛，留而不去，入舍于孙脉，留而不去，入舍于络脉，留而不去，入舍于经脉，内联五脏，散于肠胃，阴阳俱感，五脏乃伤，此邪之从皮毛而入，极于五脏之次也。”此时，皮部与布散于皮部的卫气就会发挥重要的防御作用。2.在病理上能够反映脏腑、经络之病变。由于十二皮部分属于十二经脉，而十二经脉又“内属千府藏”，所以《景岳全书》指出病之于内，形之于外”，也就是说，内脏经络发生病变，可以在经脉所通过的部位或相应的体表出现某些症状或阳性反应物，此时，皮部可以起到诊断某些病变的作用。3.在治疗上可以疏通经络、扶正祛邪、调和阴阳。皮部是经络系统沟通内外、贯穿上下的重要组成部分，所以可以浅刺皮肤一定的部位、穴位或阳性反应物（或区），通过皮部―孙络―络脉―经脉―脏腑这一途径而达邪外出、调节经络，此时，皮部起到了治疗疾病的作用。
现代医学原理
现代医学认为，反射弧是神经反射活动的结构基础，其基本途径就是感受器-传入神经-神经中枢-传出神经-效应器。皮肤是动物重要的感受器，当人体皮肤、黏膜的痛觉神经末梢被刺激后，便发出“神经信号”，沿传入神经传至各级中枢神经，各级中枢神经又反射性地将加工后的“指令性冲动信号”沿传出神经传至各个相应的器官及原受刺激的部位，从而形成各种“反射弧”产生兴奋性或抑制性的各种调节效应。这种调节效应同时会引起体液、免疫、内分泌、生物电等调节系统发生-系列的相应反应，进一步产生局部性或整体性的多种复杂调节。飞针技术正是通过刺激体表一定的点、线、面而产生一定的感觉，一般来讲，这种刺激是一种良性刺激，这种良性刺激也是飞针技术产生良性调节作用的重要前提，最终使某些病变状态得以改善，从而达到治愈疾病或减轻痛楚的目的。
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