正确的选取穴位与疗效的好坏有十分密切的关系。电针取穴的主要方法有辨证取穴、循经取穴、局部取穴、神经节段取穴、微针法取穴、经验取穴等。
辨证取穴
辨证取穴，即根据四诊综合分析全身症状体征，通过脏腑、八纲、三焦、经络等辨证方法，来确定疾病的病因、病机、病位和相应的治疗法则，进而选取相应的穴位进行电针治疗。
循经取穴
循经取穴是根据经络循行的理论为指导进行的一种选穴方法，是针灸治病选穴的基本规律和重要方法。分为两种情况：一是某一经脉发生病变，就在该经取穴，首先要根据辨证明确病变脏腑及经络，即选此经穴位电针，即所谓“辨证归经，按经取穴”。如胃脘疼痛，病在胃经，选取胃经的足三里电针；二是选取经过病变部位的经脉上的穴位，即“经脉所过，主治所及“。如腰背有疾，因足太阳经经过腰背，取该经穴位委中等。
局部取穴
局部取穴就是在病灶局部、痛点以及内脏病变相对应体表投影部位选穴进行电针。它是根据每一穴位都能治疗所在部位的局部病变和“以痛为腧”的特性确定的。旨在就近调整受病经络、器官、脏腑的阴阳气血，使阴阳平衡。局部取穴有三个含义：1.在病灶局部取穴。如腱鞘囊肿在囊肿上刺入两根毫针，加以电针；2.在痛点处取穴，即哪里按压疼痛就取哪里。如棘上韧带损伤，就在压痛最明显处电针；3.选取内脏病变在体表的投影部位取穴。如胆囊炎取承满，胃炎取中脘。
按神经分布取穴
按神经分布取穴，就是按照神经学说，在脑和脊神经及其神经丛、神经下通路上取穴。有人曾具体研究了324穴5cm针周范围内的神经分布，结果发现323穴均由脑或脊神经支配，且与相关脏器神经同属一脊髓节段，或在该内脏所属神经节段的范围内，就连表里两经穴位的支配神经也基本隶属同一神经节段，十二经脉的四肢穴位也通过周围神经到过相应脊髓节段与交感神经相连。《灵枢·卫气》指出：“气在胸者，止之膺与背俞；气在腹者，止之背俞与冲脉。”这样的划分，与现代的神经节段划分是非常相似的。故临床上按神经分布取穴也成为电针常用的取穴方法之一。如三叉神经痛，第1支痛取其分布区的阳白、鱼腰、太阳；第2支痛则取其分布区四白、迎香、巨髎；第3支痛取分布区颊车、下关、承浆；坐骨神经痛取环跳、委中、阳陵泉、昆仑等。
微针法取穴
微针穴是在特定部位所有的胸穴。微针疗法是系列局部全息刺疗法的总称，包括头针、眼针、手针、足针、耳针、腕针、面针、鼻针、项针、腹针、背针等，大多数微针疗法都有特定的穴位。其取穴原则有：1.取患侧病内脏及器官相应的胸穴，如咳嗽、支气管，眼针取肺；外踝扭伤取耳穴踝等。2.根据中医辨证施治理论取穴，如眼病，证属肝火上亢则选耳穴肝等。3.根据西医理论取穴，如风湿性关节炎取肾上腺穴以抗风湿等。4.根据患病部位分区取穴。如胸痛取眼针上焦区、腕踝针上1或3穴；小腹痛取眼针下焦区，腕踝针1或2等。
经验取穴
经验取穴就是选取根据长期临床实践摸索出来的对某些病有特定疗效的穴位。电针疗法也和针灸理论一样大量来自实践，许多医家都有一些成熟的临床经验，对一些穴位和配位的特殊疗效有独到见解，吸取这些经验和成方，是电针疗法的重要方面，许多成方和穴位都是通过长期实践，不断地总结经验，找出有效穴位和部位进行电针，往往效果很好。
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