人们常说中医是经验医学，的确，中医的早期是以经验传承学术的，到了秦汉时期，中医就已经积累了丰富的经验，有了大量的经验，医者不得不为自己的经验提供一种合理的解释，于是他们把思维的触角伸向了当时的观念世界，从中寻求合理的解释。自从周人“天”的观念战胜了殷商的“帝”，中国思想的核心就一直是“天”，以后的各种思想无不在“天”的基础上建构。“天人合一”成为了中国传统文化的主旋律，中医自然也不例外。
千百年来中医在天人合一的思想指导下，发展出了庞大而且实用的理论体系，于是没有谁再去追问她的合理性，因为，“天何言哉”，一切都是天经地义的，不言而自明的。
然而，鸦片战争改变了一切，“天崩地裂”，已经不再是杞人忧天！……
在明代利玛窦等传教士到中国传教时，其实就已经带来了西方文明，带来了“地圆说”、“日心说”。但是，中国始终以天朝上国自居，对夷族文化不屑一顾；但是，在鸦片战争的坚船利炮前，天朝上国的优越感被炸得灰飞烟灭。一荣俱荣，西方列强军事上的胜利，造成了西洋文明的优胜感，中国人不得不重新审谛这个蛮夷文明。一场文化上的侵略在悄悄进行。天文望远镜、“日心说”打破了传统的“天”的观念，“天”不再是“天圆地方”，中国的思想遭遇到了前所未有的打击，“天”已经不是原来的“天”了，那么凡是以“天”为根基的理论，也就失去了天然合理性，中医自然也不例外。面对西医格物至精，有条有理，中医不得不回答自己的合理性是什么，然而，这在以前是不可能的，也是多余的。
时势造英雄，反中医的领袖应运而生。
余云岫，一个令多少中医师咬牙切齿的名字，又是多少西医推崇备至的名字。但是不管怎样，余云岫还是余云岫，他只是完成了他该完成的历史使命。余云岫年轻时，来到日本留学，在日本读书期间以勤奋好学著称。在日本，余云岫看到，明治维新以后，汉医遭到废止，西洋医学得到全面发展，国民身体素质大大增强，他受到了强烈的刺激。余云岫把在日本学到的西洋医学和早年学到的中医两相对比，发现中医在理论上相形见绌，发出“长习新医，服膺名理”的感叹，立志以医学革命为毕生追求。1916年，余云岫春风得意地从日本回国，开始了他雄心勃勃的“医学革命”，革命的第一步就是拿中医开刀。
余云岫认为“不歼《内经》，无以绝其祸根”，于是首先撰写了《灵素商兑》，意在“堕其首都也，塞其本源也”，成为全面批判和否定中医的开山之作。他认为 “灵素之渊源，实在巫祝”，是占星术和“不科学的玄学”，“中医无明确之实验，无巩固之证据……不问真相是非合不合也。”而中医的一切临床效果都应“归纳到‘幸中偶合’四个大字里”。
1929年2月23日至26日，南京政府卫生部召开了第一届中央卫生委员会，余云岫以中华民国医药学会上海分会会长的身份参加了会议。会议讨论《废止旧医以扫除医事卫生障碍案》(余云岫提出)、《统一医士登录办法》、《限定中医登记年限》、《拟请规定限制中医生及中药材之办法案》共四个废止中医提案。这四个提案最后合并为《规定旧医登记案原则》，分三项：“甲：旧医登记限至民国十九年底为止。乙：禁止旧医学校。丙：其余如取缔新闻杂志等非科学医之宣传品及登报介绍旧医等事由，卫生部尽力相机进行。”这就是近代史上著名的“废止中医案”。虽然以上四案合并为一，实际上是用余云岫提案概括了其他三案。余云岫提出消灭中医的四点理由是：（1）中医理论（阴阳、五行、六气、脏腑、经脉等）皆属荒唐怪诞；（2）中医脉法出于纬侯之学，自欺欺人；（3）中医无能预防疫疠；（4）中医病原学说阻遏科学化。
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