机构设置
明代的针灸医学发展较快，明代政府相当重视针灸医学教育。明承袭元制，设立专门的教育与管理机构，中央有太医院，各府、州、县设置医学，促进了针灸医学教育及医政管理，明太医院中仍有针灸一科。
明代所设立的太医院是国家级的医药教育机构，据《明史·职官志》载：“太医院掌医疗之法。凡医术十三科，医官、医生、医士专科肄业。曰大方脉、曰小方脉、曰妇人、曰疮疡、曰针灸、曰眼、曰口齿、曰接骨、曰伤寒、曰咽喉、曰金镞、曰按摩、曰祝由。凡医家子弟，择师而教之，三年五年一试再试三试乃黜陟之。”上述史料表明，明代太医院设十三科，针灸仍为其中一科。
教材
规定学习的教科书为《素问》、《难经》、《脉诀》和各科紧要方书，医学生必须熟读详解。但这些书不易读懂，因此，刘纯于洪武二十一年著有《医经小学》，其中包括本草、脉诀、经络、治法和运气共六卷，将医学知识撮要编成韵语，便于初学。万历四年李梴编《医学入门》，也仿照《医经小学》编成韵语，并且在下面还加以注解。首先是释方，其次为历代医学姓氏、诊断、针灸、本草、内科、女科、小儿科和外科。虽然《医经小学》和《医学入门》并非作为太医院学习的教科书，但当时一般医生都乐意采用它作为入门的教本。
《医经小学》
《医学入门》
教学方法
明代医生的教育，主要是家传世业，凡属医家子弟，选入太医院学习，推选堪任教师的二或三人，教习医术。
考试方法
明代似乎并无医学入学考试制度，学生的来源，可从医家子弟中挑选，但每隔三至五年要举行考试，三试不及第者即予淘汰之。
明代各府、州、县均设置医学，掌执地方医学教育，针灸学也列入其中。但对于地方医学教育，明代不如元代重视，只设考官，主持考试。明代无论中央和地方设立的教育机构，都从考试来选拔医官，并作为量材取用的标准，如《明史·凌云传》就有“孝宗闻云名，召至京，命太医官出铜人，蔽以衣而试之，所刺无不中，乃授御医”的记载。
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