机构设置
清代受清政府废止针灸科及西学传入的影响，针灸教育受到严重摧残，这一时期的针灸教育与管理可分为两个历史时期，公元1644年～1822年是一个相对稳定和有所发展的时期，公元1822年，清政府下令“太医院针灸一科，着永远停止”，从此之后，针灸医学便处于日趋衰落的境地。
清政府虽然不如前朝历代政府那样重视针灸，但在公元1822年以前太医院中仍设立针灸科。医药教育(包括针灸)则分内教习与外教习两种。内教习为教授内监之习医学者，外教习为教授普通平民及医官子弟之习医学者。太医院开始有十一科，包括针灸科在内，公元1797年，太医院将十二科缩减为九科，其中仍有针灸科。清朝前半期的针灸教育仍有官方教育的成份，各府、州、县设置医学，主管地方医学教育。公元1822年以后，由于清政府下令太医院废止针灸科，故针灸教育之责完全流入民间。
清太医院 清太医院印 清道光皇帝禁针诏
教材
清代与明代要求大致相同，但实际上所习课目主要是《医宗金鉴》、张景岳《类经》及《类经图翼》、《本草纲目》，而至晚清考试则多从《医宗金鉴》出题。从清代的针灸文献看，也是受《医宗金鉴》、《类经图翼》影响最大，许多针灸书实际上就是此二书化裁而来。
清初至民国时期，针灸医学由兴盛逐渐走向衰退。公元1742年吴谦等撰《医宗金鉴》，其《医宗金鉴?刺灸心法要诀》不仅继承了历代前贤针灸要旨，并且加以发扬光大，通篇歌图并茂，自乾隆14年以后（公元1749年）定为清太医院医学生必修内容。
《医宗金鉴》 《类经图翼》
教学方法
清代医学教育值得一提的是，光绪三十四年（1908年）太医院使（最高行政官）张仲元奏请开办太医院医学堂，以培养新型的中西医高级人才。学生分为“中学班”、“高等班”两班，每班各六十人。其中中学班五年制，学习科目以中医传统课目为主，兼学西医基础知识；高等班为八年制，主要学习西医课目，兼学中医临床及中医基础。并且制定相应的《太医院开办医学堂章程》，明确提出“智育、体育、德育三者并重”。在当时的历史条件下，能够提出培养智、体、德并重的中西医学结合通才的培养模式的确是一个创举。不过从时间上看，恐怕第一届学生都没能毕业。
考试方法
凡到太医院学习者，通常要经六品以上同乡官员推荐，满人要经该管佐领推荐，并由本院医官作保，由首领官而试，粗知医理，且通晓北京话，合格者方可入学，称之为医生。入院学习后，称为肄业生。一般肄业生学习3年期满，由礼部堂官来主持考试，合格者标为医士，不合格者继续肄业，以待再考。凡肄业一年以上，经季考3次，名列一等者，遇粮生有缺，可呈报礼部递补，不再考试。
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