闭合性手术理论
闭合性手术是相对开放性手术而言的，因其是在盲视的情况下进行的，较开放性手术难度要大，对解剖知识的要求比开放性手术更高，体现在精细解剖定位、立体解剖定位、动态解剖定位和体表定位四个方面。施术者要掌握机体局部精细结构、机体立体结构层次、非标准体位下的正确定位、体表与内在解剖结构相对应的点或线，准确定位病变组织，有效避免损伤神经、血管等重要组织器官和健康的机体组织而达到治疗疾病的目的。
同时，根据闭合性手术的要求和针刀的特点，提出了闭合性手术的操作规程，包括进刀、人路和手术方法。
慢性软组织损伤的病因病理学理论
(1)重新界定软组织的范圈
西医学认为软组织只限定于运动系统，而针刀医学则认为软组织包括人体除了唯一的硬组织（骨头）之外所有的组织。因为它们具有相同的力学特征，而且其损伤的病理变化也具有相同的规律，所以为顽固慢性内脏组织器官疾病的治疗找到了有效的方法。
(2)明确了慢性软组织损伤的概念
针刀医学指出了慢性软组织损伤的内涵，即软组织受到各种损伤以后，在治疗和自我修复的过程中又在特定的条件下产生新的致病因素，导致新的慢性软组织损伤类疾病的发生。慢性软组织损伤的外延是这种损伤是难愈的，涉及各个学科的疑难杂症。
(3)明确了软组织损伤的类型
针刀医学认为慢性软组织损伤包括暴力性、积累性、隐蔽性、疲劳性、侵害性、自重性、手术性、病损伤、环境性、功能性损伤十大类。
(4)明确了慢性软组织损伤的病理变化过程
针刀医学认为慢性软组织损伤的病理过程为：损伤（生物、物理学）一变化（骨折移位、骨错位、筋出槽）一力学状态改变一软组织器官受到破坏一挤压、牵拉、松弛一大量细胞破裂坏死、组织渗出一体内异物一刺激周围组织一引起疼痛一产生生物化学变化一神经反射系统、体液调节系统作用一产生生理病理过程的变化一病变区域组织的保护机制处于紧张状态而制动一产生瘢痕、粘连、挛缩等一形成新的病理因素。
(5)软组织损伤的病因是人体动态平衡失调
人体的生命活动在自由活动状态叫动态平衡，反之，活动出现障碍或不适则称动态平衡失调。造成软组织出现病理变化的是粘连、挛缩、瘢痕和堵塞。
(6)内脏慢性损伤性疾病与运动系统慢性软组织损伤疾病的本质是一致的
内脏受到各种形式的损伤以后，在自我修复的过程中还会出现新的粘连、挛缩、瘢痕等因素，这些新的因素同样会导致内脏实体的动态失调。
骨质增生新的病因学理论
以往认为骨质增生的病因是退行性变化，经过大显的临床实践和研究，现在一般认为骨质增生的根本原因是人体组织内力学状态的异常变化，基本认识有：力学因素在人体生命活动中的重要作用和力学因素失调对生命活动的影晌；人体对体内外力学状态的适应和调节；骨质增生是人体对软组织力学状态异常变化所做出的对抗性调节的结果；人体适应性改变的三个阶段是硬化、钙化、骨化；人体关节内的力平衡失调是造成关节面软骨细胞坏死、分解的根本原因，可形成骨性关节炎。
人体电生理线路理论
在经络实质研究的基础上，针刀医学提出了人体内存在一个庞大的电生理线路系统。电生理线路系统对人体生命活动具有第一推动作用，统领其他各个系统。经络是人体电生理线路的干线，穴位是电生理线路的调控结构。除穴位之外，人体的电生理线路调控结构还有体液及其他组织结构，包括神经的触突，这些调控部位，使人体的任何组织和器官都能发挥正常的生理功能。
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