飞针技术的疗效不仅依赖于飞针技术的熟练掌握程度，而且受到处方中腧穴、刺激线选择的直接影响，所以只有正确地辨证处方，科学合理地进行穴线配伍，才能达到取穴少、痛苦小、疗效高的针刺治疗目的。鉴于飞针技术的特点，其常用的处方原则包括以下几个方面。
1)穴线区相结合，线重于穴：飞针技术处方中可以根据病变具体情况选择合适的刺激部位，腧穴、刺激线或刺激区，可以单取其中的一种，也可以相互配伍。对于不同的针具来讲，选择的刺激部位会有所侧重。一般来说，毫针、圆利针（有时也可选用三棱针）既可选用腧穴，也可选用刺激线；银针进行划割或切开排脓时以选择刺激线为主；应用丛针以及三棱针散刺时多选取刺激区。尽管如此，飞针技术在实际操作时更加重视“线”的选取，尤其应用毫针、圆利针等进行移动点刺时，经脉的体表循行路线比腧穴更加重要，往往要求做到“宁离其穴，不离其经”，所以飞针处方时，应以选取病症所对应的经络与刺激线为主。
2)近部选取原则：即在患病脏腑、五官、肢体的局部或邻近部位选取腧穴、刺激线或刺激区进行针刺。例如，眼病可以选取眼睛周围的腧穴、刺激线，胃病可以选取上腹部的脑穴、刺激线，多数外科、皮肤科病症在治疗时可以选取病损局部的刺激区等。选取的近部刺激部位可以治疗局部病症，即传统针灸学中“腧穴所在，主治所在”之意。
3)远部选取原则：即在患病部位的远距离选取腧穴、刺激线进行针刺。通过辨证，可以选取本经、表里经相关的腧穴或刺激线，也可选取相关经脉的腧穴或刺激线。例如，肺病可以选取位于前臂部的肺经线、大肠经线。选取的远部刺激部位可以治疗循经路径及所属脏腑的病变，即传统针灸学中“经脉所过，主治所及”之意。
4)对症选取原则：即针对个别症状而选取具有特异性主治作用的腧穴或刺激线进行针刺，属于治标之法，经验选穴的范畴。例如，实热证选取大椎、曲池、十宣穴，小儿疳积选取四缝穴等。适当地采用对症选穴、选线，可以有效地提高疗效，减轻患者病痛，本原则是飞针技术中不可忽视的环节。
上述每一个原则都是处方过程中辨证思维的一个角度，处方时不可偏倚某一个方面，只有依据病症的全面考量，综合应用这些原则，才能保证处方的完整性、严谨性和有效性。
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