火针的选穴原则与亳针基本相同，均是在脏腑经络理论指导下，以循经选穴为主要原则，根据不同病变部位、症状并结合西医神经节段理论选取相应腧穴。
1.近部选穴
近部选穴就是在病变局部或距离比较接近的部位选取腧穴的方法，是腧穴局部治疗作用的体现。火针常用于治疗皮肤科、外科及骨伤科疾病，对于各种病证所出现的皮损、瘙痒、疼痛、溃疡等，均是以阿是穴为主。
在病变部位取穴：火针治疗外科中的肿块时，对于实质性肿块，火针治疗时大都选用肿物基底部为穴，根据肿物大小分别取基底部上、下、左、右各四穴．与肿物中心一穴。如治疗淋巴结结核硬结期；对于囊性肿物，则选囊肿低垂处为穴，用粗火针或火铍针，使囊液外流，如治疗腿鞘囊肿时。
阿是穴：即在压痛点或其他病理反应点作为针灸治疗的部位。阿是穴适用于痹证、经筋病候。《素问・调经论》“病在筋，调之筋”；“燔针劫剌，以知为数，以痛为腧”，即用火针，取其痛点快速深刺至筋部，加以治疗。临床对于大多数肌肉、关节、肌腱韧带、神经等病变，如肩周炎、风湿性关节炎、面肌痉挛、扭挫伤等病证均可取阿是穴为主施以火针治疗。
2.远部选穴
经脉循经取穴：即根据经脉循行，“经脉所通，主治所及”的治疗规律取穴。如治疗头面、躯干部病证可取四肢肘膝关节以下穴位。“肚腹三里留，腰背委中求”即是此种取穴法的体现。
标本根结取穴：即依据标本根结理论，头面五官的疾病，选取相关经脉“根穴”进行治疗。“根穴”即经脉的井穴。井穴是各经经气所出之源泉，主治全身性疾病。例如，选用火针治疗头面五官病证时，选相应井穴点刺，可起到火热下泻，风热外疏，解热化郁的效果。
3.辨证对症选穴
辨证是指根据疾病的证候特点，分析病因病机辨证选取穴位的方法。例如热证选荥穴、咳嗽属热加鱼际穴、阳明胃热加内庭穴等。
对症则是依据疾病的特殊症状而选取穴位的方法，是根据腧穴的特殊治疗作用及临床经验而选取穴位。如临床选用点刺大、小骨空治疗眼疾，肘尖治疗瘰疬，大陵穴治疗踝关节疼痛均是经验取穴。
4.根据神经节段取穴
所谓神经节段，即在人类胚胎早期，胚胎由一系列均等排列的体节组成。研究表明，特定穴（俞穴、募穴等）与相应的脏腑通过相应的神经节段发生联系。例如，俞募穴所屈神经节段与其所主治内脏病的节段有相当的一致性。如作为气会穴的檀中穴是又属于心包的募穴，属胸4节段，主治呼吸系疾患（治疗范围为颈2-胸4)疾患，对心脏疾病、乳腺疾患等亦常用；而八会中的腑会中脘穴又是胃的募穴属胸8节段，主治胃肠疾患（治疗范围为胸6-胸9)及消化系疾患；关元为足三阴经交会穴，又属小肠募穴屈胸12节段，系强壮要穴，主治泌尿生殖系的疾患（治疗范围为胸10-胸12)。治疗神经源性心律失常在背部用电针针刺厥阴俞明显比足三里作用强，主要是通过胸2-3节脊髓中外侧柱，起到调治作用。
根据脊神经的节段性分布，可指导针灸取穴。如对于下肢疼痛，若表现为下肢前缘则取腰2、3夹脊穴，若小腿外侧痛可取腰5夹脊穴；对于肩周、上臂内侧的带状疱疹，可加取颈4、5、6夹脊穴。
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